Software

      Kristalografik Yazılım için APEX

      *Windows XP ve Linux Fedora Core3 ile uyumludur.
 
APEX2 yazılımı, kullanıcının kristalografik bir deneyle nasıl etkileşim içerisinde olabileceği konusunda tamamen yeni bir yaklaşım sunmaktadır. Grafiksel Kullanıcı Arabirimi (GUI), kullanıcıya adım adım ve en az bilgi girişi sağlayarak tüm analizin tamamlanmasını sağlamaktadır. GUI kullanıcının sadece yapı çözümlenmesine odaklanırken diğer taraftan cihaz geometrisi veya data toplama stratejileriyle uğraşmasını ortadan kaldırmaktadır. APEX2 yeni başlamış bir kristalografın kullanabileceği kadar basit ama aynı zamanda uzman bir kristalografın isteyebileceği tüm özelliklere de sahip bir yazılımdır. 

APEX2 yazılımı, data toplama, integrasyon ve skalalandırmadan yapı tanımlaması ve çözümüne ve rapor hazırlanmasına kadar gerekli olan tüm dataları en yüksek kalitede temin eder. Yenilikci GUI veri toplanması veya integrasyon modüllerine tek bir mouse komutuyla başlar ve kolay anlaşılır grafikler yardımıyla ilerler, yapı tanımlaması için gerekli kalitede data alınmasını sağlar.

APEX2 yazılımı data toplama ve işleme için iki bilgisayar kullanır. Birinci bilgisayar sistemi kontrol ederken ikinci bilgisayar network vasıtası ile birnci bilgisayara bağlanır ve daha yüksek seviyedeki kristalografik yazılımı kullanır. Bu yöntemin başlıca avantajları:
 
Kristalografik yazılıma hemen hemen her yerden bağlanılabilir, bu sayede sürekli sistemin başında olmak gerekmez.

Bu özellik sistem kontrolü ve kristalografik analiz programlarını net bir şekilde birbirinden ayırır.

Kristalografik yazılıma birden fazla kullanıcı aynı anda bağlanabilir ve veri değerlendirmelerini aynı anda yapabilir. 

       SHELXTL

SHELXTL nin tam sürümü APEX2 yazılımına tümüyle entegre edilmiştir, Windows ve LINUX ile uyumludur. APEX 2 modern GUI etrafında örülmüş güçlü ve güvenilir bir yazılımdır ve Goettingen Üniversitesinden Prof Sheldrick tarafından geliştirilmiş ve dizayn edilmiştir. SHELXTL paketi özellikle yapı tanımlama ve çözümlemesi için Akademik ve Endüstriyel uygulamalar için altın standart değerindedir. SHELXTL program paketi içeriğinde; uzay grubu tanımlaması, istatistikler, nümerik absorbsiyon düzeltmesi hesaplanmış Patterson parçalarının gösterilmesi, merohedral detwinning ve bunu gibi uygulamalar için XPREP, Skalalandırma ve çoklu tarama absorbsiyon düzeltmeleri için SADAB paketlerini içermektedir. XS, XL ve XM formu yapı çözümlemenin kalbini oluşturmaktadır. XP ve XSHELL  yapıların interaktig çözümlemesinde kolaylık sağlayan atomik ve moleküler grafikleri sağlamaktadır. 

     Yüzey Indekslenmesi (Face indexing)

    Nümerik Absorpsiyon düzeltmesi için kristal belirlenmesi sadece birkaç mouse hareketi ile tamamlanır. Zeki yardımcılar ve araçlar sayesinde önceden kaydedilmiş filmler üzerinde kristal yapı tanımlanabilir.

      Görüntü Analizi (Image Analysis)

     Zoom yapma, çevirme, 3 Boyutlu görünüm, çizgi grafikleri, rocking Curveler, çözünürlük halkaları ve bunun gibi pek çok görüntü analizi APEX2 grafiksel arabiri ile elde edilebilir.

      Veri İntegrasyonu (Data Integration)

     Yakın ve uzak taramalar için en iyi şekilde kullanılan algoritmalar ile gerçek 3 boyutlu integrasyon yapar. Kimyasal kristalografi ve ikizler ve orantısız datalar gibi özel dataların en iyi ve en hızlı şekilde  integrasyonunu yapar.

      Reciprocal lattice viewer

     Yansıma düzlemi görüntülenmesi ve interaktif modifikasyonunu sağlar.               
     İkizler ve orantısız dataların q-vektörlerini görsel olarak ayırır.  Reciprocal uzayın birim hücre ve katmanları ile görselleştirilmesini sağlar.

     Aynı zamanda eğitim amaçları içinde kullanılabilen bir programdır.

     Data Toplama Stratejisi Planlama (Data collection strategy planning)

     Yapmak istediğiniz analizin süresi ve tekrarını girdikten sonra Strateje planlayıcı size tüm dataları en kısa sürede toplayacaktır. Resimdeki triclinic örnek 2 saat içerisinde analiz edilmişve 4 tekrarı da 4.5 saat içerisinde tamamlamıştır.

      Data Skalalandırma ve Absorpsiyon düzeltme (Data scaling and absorption correction)

     Nümerik ve çoklu tarama absorbsiyon düzeltmelerini destekler. Analiz edilen kristalin hacmi, gelen ışının homojenliği, kristal tutucunun absorbsiyonu ve kristaldeki bozulma gibi hataları tesbit eder ve düzeltir.
 
     Bu düzeltmeler aynı zamanda düşük saçılımlı daha büyük kristallerin sistematik hatalarını da ortadan kaldırır.

     Yapı Çözümü (Structure solution)

     SHELXTL in yapı çözüm metodlarını destekleyen garfiksel kullanıcı arabirimidir. Bu modül direk, çift uzay ve Patterson metodaları için yapı genişlemeli ve genişlemesiz setup ları sağlar.

     Kullanıcı bu parametreleri kolaylıkla değiştirebilir. Bu modül aynı zamanda yapı çözüm raporlarının da analizi için çözümlenmiş yapıları da göstermektedir.

     Structure refinement

     Yapı Arıtımı için güçlü ve yeni Grafiksel Kullanım. Modern OPEN GL grafikleri ile birden fazla molekülün görüntülenebilmesini sağlar. Düzensiz gruplar, zorlanmış gruplar gibi pek çok zorlu yapı arıtımı için XL programını destekler.

     Pseudo Precession photograph

     Bu modül tüm data seti içerisindeki fotoğraflarda Pseudo Precessionları  pixel pixel tekrar düzenlemenizi sağlamaktadır. Thermal Diffuse Scattering, Düzensiz yapılar, ikizler veya reciprocal uzaydaki keşiflerinizi görünür yapar.

     Autostructure

     Otomatik Yapı Tanımlama- Hızlı ve Güvenlidir.  Bu programı yanınızda oturan kristal yapılar ve çözümleri hakkında tüm incelikleri bilen bir uzman gibi düşünebilirsiniz. Autostructure Sentetik Kimyaya açılan yeni bir kapı olmakla beraber yeni kristalograflara da hızlı ve güvenli yapı çözümü imkanı sunmaktadır.

     Phase ID Modülü

     Bu modül farklı shellerden alınan dataları otomatik olarak toz diffraksiyon datasına çevirir. 2 boyutlu toz datalarını integre ederek bulk malzeme ve tek kristal saçılımlarını kıyaslayabilmektedir.  Tüm datalar Bruker in Toz Diffraksiyon analiz programlarına transfer edilebilmektedir.